扁平占藓的病因不明，從臨床與基礎的研究中，發現有關的因素很多。日前一般認為發病可能與心理因素、內分泌因素、病毒感染、自身免疫和遺傳有關。
1.心理因素
OLP的發生、發展與身心因素有密切關系。50%左右的0LP患者有精神創傷史(如下崗失業、親屬亡故、婚戀糾紛)，或生活壓力過大，又不善於與人溝通，無法釋放情緒等導致心情不暢、焦慮的因素。臨床中常見到因這種心理異常導致機體功能紊亂，促使OLP發病，病情加重，或反復發作、遷延不愈。
2.內分泌因素
流行病學調查發現，中年女性OLP發病率較高。研究表明醫學教|育網搜集整理，女性OLP患者月經期及絕經期血漿雌二醇(E2)及睾酮(T)含量低於對照組，而男性患者血漿中E2下降。同時在OLP組織切片中雌激素受體(ER)表達顯著低於對照組。一些女性OLP患者在妊娠期間病情緩解，哺乳期過後月經恢復時，病損復發。
3.免疫因素
病理檢查可見OLP上皮固有層內有大量淋巴細胞呈密集帶狀浸潤是其典型病理表現之一，因而考慮0LP與免疫因素有關。浸潤的淋巴細胞以T淋巴細胞為主，應用抗T細胞亞群的單克隆抗體對其性質及分布情況進行研究，發現在病損的早期主要由輔助誘導性T細胞(Th)和單核一巨噬細胞介導，T4/T8比例增高;在病損的後期是以抑制細胞毒性T細胞(Ts/Tc)所介導，T8細胞增多，T4/T8比例下降，且T8細胞多靠近基底膜區分布提示OLP可能是一種由T細胞介導的免疫反應性疾病。臨床上使用皮質激素及氯喹等免疫抑制劑治療有效，也證明本病與免疫因素有關。
4.感染因素
可能足致病因素之一，Lipschutz曾發現病損內有包涵體存在並認為是病毒感染的證據。但有些學者在實驗中未得到任何病毒感染的證據。國內有學者提出0LP發病與幽門螺桿菌(HP)感染有關，並有抗HP治療後有效的報告。但因HP在人群中感染較廣泛，亞型也較多，尚需進一步觀察。有學者用PCR法檢測發現OLP患者外周血中丙型肝炎RNA較對照組顯著增高，其與OLP的關系尚需進一步觀察。
5.微循環障礙因素
對OLP患者及正常人的唇、舌黏膜、甲皺、舌菌狀乳頭醫學教|育網搜集整理、眼球結膜等血管微循環的觀察發現，OLP患者微血管形態改變明顯，其擴張、淤血者顯著高於正常組;其微血管血流的流速亦較正常組明顯減慢。0LP患者血液流變異常者占57.14%，顯著高於健康中、老年人中的27.81%～30.35%.患者的紅細胞電泳時間、全血比黏度、還原黏度、紅細胞聚集指數均高於正常組。說明微循環障礙及高粘血症與0LP有關。
6.遺傳因素
曾在一個家庭中發現有數人發病;有些患者有家族史。有的學者發現OLP的HLA抗原的A3、B5、B8位點有異常，頻度增高。
