環境因素
主要是母親懷孕早期(懷孕3個月以前)出現下述某種狀況可能會導致寶寶唇腭裂：
1、病毒感染：如孕婦上呼吸道感染、風疹等。
2、藥物作用：如服用抗癫痫藥、類膽固醇、抗過敏、抗癌藥物等。
3、內分泌：精神性或損傷性的因素，如遭到強烈的精神刺激、身體外部遭損傷等。
4、營養因素：早孕期的嘔吐，厭食，偏食等導致維生素D、葉酸、鐵、鈣等的缺乏。
5、其他因素：如照射X線、吸煙、酗酒、缺氧。
遺傳因素
另外，唇腭裂有相當部分是遺傳的，一般唇腭裂發生在第一胎的概率為1/600，如果第一胎是唇腭裂的在第二胎發生唇腭裂的幾率為3/100。
