本症主要應與釉質發育不全相鑒別。
1.釉質發育不全白垩色斑的周界比較明確，而且其紋線與釉質的生長發育線相平行吻合；氟牙症為長期性的損傷，故其斑塊呈散在的雲霧狀，周界不明確，並與生長發育線不相吻合。
2.釉質發育不全可發生在單個牙或一組牙；而氟牙症發生在多數牙，尤以上颌前牙為多見。
3.氟牙症患者可有在高氟區的生活史。
