為什麼會出現口腔潰瘍的復發性呢，其病因目前尚不十分明確，但有很多因素可以直接導致口腔潰瘍的發生：細菌、病毒等微生物的感染；營養不良、維生素缺乏；消化系統疾病如腸胃潰瘍炎症、便秘、腹瀉等的影響；微量元素缺乏，如缺鐵、葉酸、B12以及鋅等；內分泌失調；精神、神經因素，如工作勞累、精神緊張波動、神經功能紊亂失調等。
有些女性每逢經期或行經前後就會出現口腔潰瘍，用藥治療只能暫時緩解，下月行經時依然如故地出現，疼痛難忍，與此同時，還常伴有口干、心煩、易怒和大便干結等令人煩惱的症狀。臨床研究發現，月經期出現口腔潰瘍主要是由於體內黃體酮水平增高而雌激素（孕酮等）的水平降低所致。
