(一)局部治療 主要目的是消炎、止痛，促進潰瘍愈合。治療方法較多，根據病情選用：
1.含漱劑 0.25%金霉素溶液，1∶5000氯已定洗必泰溶液，1∶5000高錳酸鉀溶液，1∶5000呋喃西林溶液等。
2.含片 杜米芬含片，溶菌酶含片，氯已定含片。
3.散劑 冰硼散，錫類散，青黛散，養陰生肌散，黃連散等是中醫傳統治療口腔潰瘍的主要藥。此外，復方倍他米松撒布亦有消炎、止痛、促進潰瘍愈合作用。
4.藥膜 其基質中含有抗生素及可的松等藥物。用時先將潰瘍處擦干，剪下與病變面積大小相近的藥膜，貼於潰瘍上，有減輕疼痛，保護潰瘍面，促進愈合的作用。
5.止痛劑 有0.5%～1%普魯卡因液，0.5%～1%達克羅寧液，0.5%～1%地卡因液，用時塗於潰瘍面上，連續2次，用於進食前暫時止痛。
6.燒灼法 適用於潰瘍數目少、面積小且間歇期長者。方法是先用2%地卡因表面麻醉後，隔濕，擦干潰瘍面，用一面積小於潰瘍面的小棉球蘸上10%硝酸銀液或50%三氮醋酸酊或碘酚液，放於潰瘍面上，至表面發白為度。這些藥物可使潰瘍面上蛋白質沉澱而形成薄膜保護潰瘍面，促進愈合。操作時應注意藥液不能蘸得太多，不能燒灼鄰近健康組織。
7.局部封閉 適用於腺周口瘡。以2.5%醋酸潑尼龍混懸液0.5～1ml加入1%普魯卡因液1ml注射於潰瘍下部組織內，每周1～2次，共用2～4次。有加速潰瘍愈合作用。
8.激光治療 用氦氖激光照射，可使粘膜再生過程活躍，炎症反應下降，促進愈合。治療時，照射時間為30秒～5分鐘。一次照射不宜多於5個病損。
(二)全身治療 因病因尚不清楚，治療效果不夠理想。
1.免疫抑制劑 目前認為本病與自身免疫性疾病有關，近年來試用免疫抑制劑治療，部分病例有一定效果。若能經檢查確定為自身免疫性疾病，采用免疫抑制劑則有明顯療效。常用藥物為腎上腺皮質激素：潑尼松(強的松)5mg/片，地塞米松0.75mg/片，一日3～4次，每次1片。5天後病情控制則減量，每日減5～10mg。總療程為7～10天後停藥，如療程長，為防止感染擴散，應加用抗生素。對嚴重白塞綜合征，可住院後給予氫化可的松100mg或地塞米松5mg和四環素1g加入5%～10%葡萄糖液中，靜脈滴注，病情好轉後逐步減量。對有胃潰瘍、糖尿病、活動期肺結核的患者應禁用或慎用。
2.免疫調節劑和增加劑
(1)左旋咪唑：用於需增強細胞免疫作用者。成人一日3次，每次50mg，連服2日，停藥5日，2～3月為一療程。常見的副作用有頭痛、頭錯、疲乏、關節酸痛等，少數病例可發生粒細胞減少，在治療過程中應定期作血常規檢查。
(2)丙種球蛋白：適用於體液免疫功能減退者。在潰瘍急性期時肌內注射1支(3ml)，必要時1周後可再注射3ml。不宜長期使用，因使用過多反造成人體免疫反應的抑制稱反饋抑制。
(3)轉移因子：可將免疫功能轉移給無免疫的機體，以恢復其免疫功能。適用於細胞免疫功能降低或缺陷者。1ml內含5×109白細胞提取物。注射於淋巴回流豐富的部位如腋下或腹股溝處之皮下。每次1ml，每周1～2次，10次為一療程，一般用一療程即可。
(4)維生素：維生素類藥物可維持正常的代謝功能，促進病損愈合。在潰瘍發作時給予維生素C 0.1～0.2g，一日3次，復合維生素B每次1片，一日3次。
(5)女性激素：女性發病與月經周期有關者可慎用雌激素。已烯雌酚0.1mg，每晚服1次，自月經後5天起連服20天。
(6)微量元素：有血清鋅含量降低者補鋅後病情有好轉，可用1%硫酸鋅糖漿，每次10ml，每日3次;或硫酸鋅片，每片0.1g，每次1片，一日3次。維酶素為核黃素衍生物，含有人體所必需的多種維生素、氨基酸、微量元素及一些輔酶，對有胃腸道疾病者有一定效果，可促進潰瘍愈合，每次1g，一日3次，無副作用，可較長期服用
