組織病理：上皮過度角化或萎縮。活動性底細胞退行性變，在上皮和結節可見膠狀小體。真皮層可有以單核細胞為主浸潤，淋巴細胞遷移進入上皮層，從而使上皮與結締組織界線不清，漿細胞除在齒龈皮損活檢中多數外，其他皮損活檢均不占多數。有時，基底膜呈現玻璃樣變性，PAS染色這種表現更為明顯。
免疫組織化學染色顯示多數免疫球蛋白沉積於膠樣體，少數沉積於細胞表面。基底膜區可見纖維素沉積物，真皮層以CD4 淋巴細胞浸潤為主，上皮間和基底區以CD8 淋巴細胞浸潤為主。上皮朗格漢斯細胞數正常，但更呈多形性且表達HLAⅡ類抗原。口腔扁平苔藓角質形成細胞表達HLAⅡ類抗原，但不能與非特異性齒龈炎、紅斑狼瘡和念珠菌性唇炎相鑒別。藥物相關性苔藓樣疹的朗格漢斯細胞抗原性不同於特發性扁平苔藓，即使它們的臨床表現和組織病理表現極為相似。
