中醫院專家介紹介紹說扁平苔藓具有明顯的組織學特征。持久的口腔或外陰扁平苔藓呈肥厚的融合損害有時在臨床上很難與粘膜白斑相鑒別，口腔廣泛的糜爛性損害也需要與念珠菌病，癌腫。
扁平苔藓伴發某些自身免疫病，朗格漢斯細胞和角朊細胞等輔助細胞參與了這些反應，使T細胞活化、增殖，且向表皮移動，其產生的某些細胞因子、淋巴毒素及細胞毒T細胞導致了基底細胞的破壞和損傷，從而引起扁平苔藓的一系列病理變化。
有實驗顯示扁平苔藓中存在CD3、CD8細胞升高，CD4/CD8降低，泛發性者CD4/CD8明顯降低。有學者應用間接免疫熒光技術在口腔扁平苔藓患者皮損的表皮中檢測出扁平苔藓的特異性抗原（LPSA），血液中檢測到LPSA的特異性抗體。
亦有研究表明扁平苔藓患者有扁平苔藓特異性抗核抗體，且發現其檢出率依所用底物不同而有所差異，最佳底物是大鼠食管上皮，以黏膜糜爛型檢出率高。
在體液免疫方面，發現在扁平苔藓活動期或皮損剛消退時IgM值低下，而在陳舊性損害病例則正常。
有報告扁平苔藓病人有陽性家族史者為10。7%。其報告雖不完全一致，但與正常對照都有差異，提示本病可能與遺傳有關。
