第一，消化系統疾病及功能紊亂，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。
第二，內分泌變化。有些女性每逢經期或行經前後就會出現口腔潰瘍，用藥治療只能暫時緩解，下個月行經時依然如故地出現，疼痛難忍，與此同時，還常伴有口干、心煩、易怒和大便干結等令人煩惱的症狀，這可能是與月經前的孕酮水平增高，雌激素的水平降低有關。有研究顯示，對月經前發生復發性口腔潰瘍的病人給予雌激素治療，可以收到良好的效果，而妊娠期的女性，雌激素水平又會升高，所以經常發作口腔潰瘍的患者，在懷孕期間往往症狀會得到明顯的改善。
第三，精神因素。有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下才會發病，這可能與植物神經功能失調有關。
第四，遺傳因素。如果父母雙方都患有復發性口腔潰瘍時，其子女約有80%～90%的概率患有此病;若雙親之一患此病時，其子女約有50%～60%患病概率。
第五，其他一些因素，包括缺乏微量元素鋅、鐵、葉酸、維生素B12等，可能會降低免疫功能，從而增加復發性口腔潰瘍發病的可能性。
