當今社會，臨床醫學上沒有對口腔潰瘍總結出准確的病因，因此我們就它把定義為多種因素共同作用導致的。通常可能是遺傳、生活習慣、飲食等等共同作用下導致的結果。總結起來還是有幾個高發病因，下面就這方面進行介紹：
1、免疫反映：復發性口腔潰瘍首先與免疫有著很密切的關系。有的患者表現為免疫缺陷，有的患者則表現為自身免疫反應，也就是由於各種因素，使人體正常的免疫系統，對自身組織抗原，產生免疫反映，而引起組織的破壞而發生疾病。
2、人體的免疫力系統出現異常：一旦人體出現免疫力系統紊亂，那些寄存在口腔內部的細菌或者病毒就會顯得特別活躍，導致潰瘍的產生甚至是惡化。這些病菌通常是金黃色葡萄球菌、鏈球菌、大腸桿菌、綠膿桿菌等。
3、遺傳因素：臨床經驗顯示，復發性口腔潰瘍有明顯的家族遺傳傾向，我們常常看到，父母一方或多方若患有復發性口腔潰瘍，那麼，他們的子女就比一般人更容易患病。
4、精神因素：當今的社會，來自各方的壓力太大了，有的患者在生活、工作的重壓下，容易出現精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況，而這些情況也是引起經常口腔潰瘍的原因之一。
5、體內激素分泌不均：消化系統疾病及功能紊亂：如胃潰瘍，十二指腸潰瘍，慢性或遷延性肝炎，結腸炎、腹脹、消化不良、腹瀉或便秘等情況都可能引起口腔潰瘍並可能伴隨著口臭的發生。
口腔潰瘍的病因主要有以下的幾點：
【1】口腔潰瘍的病因可以是精神因素。有的患者在精神緊張、情緒波動、睡眠狀況不佳的情況下發病，可能與植物神經功能失調等口腔潰瘍的病因有關。
【2】消化系統疾病及功能紊亂也是常見的口腔潰瘍的病因。患系統性疾病的患者易發生口腔潰瘍，主要是通過影響免疫系統而致病。口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、局限性腸炎、肝炎等有關。研究表明：30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。其中9%以上有消化道潰瘍。
【3】遺傳因素是主要的口腔潰瘍的病因。如父母雙方均患有復發性口腔潰瘍時，其子女約有80— 90%患病，若雙親之一患此病時，其子女約有50—60%患病。
【4】內分泌變化。有些女性患者往往在月經期發生，可能與體內雌激素量下降有關。有些女性每逢經期或行經前後就會出現口腔潰瘍，用藥治療只能暫時緩解，下月行經時依然如故地出現，疼痛難忍，與此同時，還常伴有口干、心煩、易怒和大便干結等令人煩惱的症狀。臨床研究發現，月經期出現口腔潰瘍主要是由於體內黃體酮水平增高而雌激素(孕酮等)的水平降低所致。
除了上述所說的，還有一部分患者自身身體的免疫力較差、身體機能不好。身體缺少鈣、鐵、鋅等維生素物質。還有，口腔潰瘍這一疾病，並不難治愈，並且，平時我們對一些飲食有足夠的警惕，像辛辣、碳酸型、冰凍類食物少吃等等。
