口腔潰瘍是日常生活中的常見症狀，一個人一生中或多或少會碰到。有不少藥物也可以誘發或直接導致口腔潰瘍的發生，像抗腫瘤藥物，如甲氨蝶吟、環磷酸胺、阿霉素等。
抗生素氨於西林、頭抱氨氣甲硝哇及替硝娃等，可誘發口腔變態反應而產生潰瘍。
柳氮磺吮喂，目前廣泛用於治療潰瘍性結腸炎、類風濕性關節炎、銀屑病和結節性紅斑等疾病。它也可引起口腔潰瘍。
抑制胃酸分泌的藥物，如奧美拉哇、西咪替丁，在用藥4～5天後，患者可出現口干、口腔新膜糜爛等症狀，其機制可能與其在抑制胃酸分泌的同時影響了唾液腺的分泌有關。它們會使唾液分泌相應減少，從而影響了口腔沖洗、清潔及殺菌作用。
解熱鎮痛藥物，如阿司匹林、雙氯芬酸鈉，都有引發口腔潰瘍的報道。以阿司匹林腸溶片為例，它是有機弱酸，對象膜有刺激作用，而口腔新膜血運豐富，常規服用阿司匹林可導致黏膜損傷。若患者口腔部膜對該藥特別敏感，即使是小劑量，也可造鹹口腔黏膜潰瘍。 降壓藥卡托普利，亦可起口腔潰瘍的發生。
此外，某些減肥藥，如鹽酸西布曲明(商品名：曲美)是一種治療肥胖症的藥物，作用於中樞系統，使人增強飽腹感，減少進食。有報道稱，有患者口服西布曲明7-12天後，出現口腔疼痛、潰瘍。其原因可能與藥物抑制食欲，導致維生素及微量元素缺乏有關。
一些潤喉藥，如含有薄荷成分的喉片，具有收縮口腔財膜血管、減輕炎症水腫和疼痛的作用，開始使用的時候感覺清涼舒適，有效緩解咽部疼痛;不過，在口腔無炎症時經常含服，會因影膜血管收縮、粘膜於燥破損，導致口腔潰瘍的發生。
華素片(一種口腔捨片)中含有碘分子。碘分子具有超強的殺菌抗感染作用，可迅速殺滅口腔、咽喉等部位的各種致病微生物，包括細菌、病毒等。獨特的捨服方式使藥物直接作用於病症感染部位，可有效治療口喉疾病。但是，碘對口腔新膜組織的刺激性很大，不宜長期合服。
