遺傳因素：
1.發生唇腭裂與性別有關。
2.與患者血緣關系近者，易感性增大。
3.個體的易感性超過某一阈值界限，將會發生唇腭裂。
4.腭裂的發生更多的表現為單個主要基因與環境因素相互作用的結果。如TGF-1、2，EGF，VEGF的作用。
環境因素：
1.吸煙、飲酒。
2.感染：病毒、細菌、原生動物等。
3.環境污染：射線、化學物質、農藥。
4.營養缺乏：如VitA、D、E，葉酸，微量元素的缺乏。
5.母體內環境：低氧，激素與代謝紊亂，異常抗體的長期產生，宮內壓迫等。
6.藥物與激素：如苯妥因鈉、氨基比林、類固醇、抗癌藥。有以地塞米松、維甲酸誘導動物(小鼠)形成腭裂的報道。
7.其他：如精神緊張等。
腭裂通常根據腭部裂隙的程度進行分類:
1、單側完全性腭裂
裂隙自懸雍垂開始直抵門齒孔，然後斜向外側，一般在單側切牙部位與前颌骨分離。
2、不完全性腭裂
裂隙累及軟腭及部分硬腭，常同時伴有單側不完全性唇裂發生。切牙部的牙槽嵴完整無損。
3、軟硬腭交界處裂孔
此畸形極為少見，患者發音不清，軟腭部肌肉亦有畸形。
4、雙側完全性腭裂
常與雙側完全性唇裂同時發生。裂隙在側切牙部斜向兩側，鼻中隔孤立的游離在中央。兩側腭板有時有從水平為移向垂直位的趨勢，這樣使裂隙增大而鼻腔縮小。
根據畸形的程度不同可分為：
Ⅰ度腭裂(只是懸雍垂裂)
Ⅱ度腭裂(部分腭裂，未裂開到切牙孔)
Ⅲ度腭裂(由懸雍垂到切牙孔全部裂開，包括牙槽突裂)
