口腔潰瘍主要發生於口腔黏膜組織，其致病因素目前尚未完全明確，除了與飲食不合理、生活不規律等外界因素，人體免疫異常也可能誘發口腔潰瘍。
1、細胞免疫異常：復發性口腔潰瘍前驅期病損區有大量的T淋巴細胞浸潤，T輔助細胞占多數，潰瘍期T毒性細胞為主，愈合期又恢復到T輔助細胞為主。
2、體液免疫異常：體液免疫是通過B淋巴細胞產生的特異性免疫球蛋白實現，復發性口腔潰瘍切片標本的棘細胞胞漿中存在自身抗原，但未能在口腔上皮中是否有抗原性結構改變尚未證實。
3、自身免疫異常：復發性口腔潰瘍患者自身免疫常出現異常，口腔黏膜中存在抗體，血清中循環復合物、依賴抗體的殺傷細胞以及棘細胞胞漿中也可發現自身抗體。
4、免疫功能低下：據研究發現，免疫功能低下的復發性口腔潰瘍患者淋巴細胞對刀豆蛋白、胸腺病毒等刺激的反應在潰瘍各個階段都比正常人低下。
5、免疫缺陷：存在免疫缺陷的患者更易感染或復發口腔潰瘍，且更為嚴重，如艾滋病感染的復發性口腔潰瘍患者病情往往較重。
