治療口腔潰瘍需要局部治療和全身治療相結合。
局部治療：主要是消炎，止痛，促進愈合。可以使用洗必泰含漱液消炎或者0.5%達克羅寧液(外用)止痛、溶菌酶口含片消炎止痛、消腫。也可以把藥物直接用於口腔潰瘍創面，如使用金霉素甘油、龍膽紫、制霉菌素甘油，還有意可貼等新藥。
全身治療：使用抗過敏、抗炎藥物如腎上腺皮質激素、潑尼松等;免疫增強劑如轉移因子;每日補充維生素C、復合維生素B、葉酸、鐵、鋅;用過氧化氫鹽水漱口。
中醫治療復發性口瘡以滋陰清熱、清胃降火為原則。
