醫生強調，一般情況比較不嚴重的口腔潰瘍，大約2周內可自然痊癒。當然還是要避免誘發口腔潰瘍發生的危險因子，因此，飲食的均衡、規律的生活作息、良好的睡眠品質、適度的運動等，都是日常生活一定要做到的。至於治療方面，則須根據患者實際的病情，找出致病的原因，才能對症治療。因此，患者如遇有久治不癒或是疑似為全身性疾病之可能時，應接受進一步的抽血或切片的檢查。
●非藥物治療
對於症狀輕微的口腔潰瘍，其實並不需要使用藥物，就可以自然康復。但要注意避免誘發口腔潰瘍的因素，同時做好口腔的清潔與衛生工作。此外，若是因維生素攝取不均的問題，則須從飲食調整著手，補充所需的營養。若是因藥物所引起的副作用問題，則應與醫師進一步討論，停止用藥後，即可改善口腔潰瘍的症狀。
●局部性用藥
針對復發性口腔炎的治療或是其他全身性疾病所引發之口腔潰瘍病症，常見用藥包括止痛劑、黏膜保護劑、抗菌劑、抗發炎製劑等加以局部塗抹，潰瘍的情況可獲控制。
●全身性用藥
如是復發率太高或復發時潰瘍數太多，可考慮使用免疫調節劑治療。至於情況較為嚴重的復發性口腔炎與貝氏症候群，使用局部藥物的治療效果並不理想。因此，可改用口服的藥物加以治療。
●從疾病根本治療
若患者本身是因缺乏鐵質、葉酸、維生素B12的患者，則應加以補充。若是疱疹病毒感染所引起，尤以免疫功能低下患者，則需服用抗病毒藥物。若為細菌感染所引起的口腔潰瘍，則應給予抗生素治療。此外，霉菌感染所造成的口腔潰瘍，因多為全身性的感染，所以，應給予全身性抗霉菌藥物來加以治療。值得注意的是，如有疑似腸道疾病、自體免疫疾病、皮膚疾病、血液疾病、惡性腫瘤所造成的口腔潰瘍情形，則必須轉介相關專科醫師，進行更詳細的檢查。
2周內未見好轉，立即就醫檢查
通常身體免疫功能變差時，就容易好發口腔潰瘍，民眾不必過於擔心，因為正常情況多在2周內可以自然恢復。但如果口腔潰瘍的情形持續2周以上未見好轉，則應盡快就醫治療，以排除其他重大疾病或全身性疾病之可能。若為反覆發作的復發性口腔潰瘍，患者也無須恐慌，只要遵從醫師的指示加以服藥，即可達到良好的改善。
