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山東漢族人群rs7599810位點多態性與NSCL/P的關聯

  原標題:SUMO1基因單核苷酸多態性分析及rs7599810多態性與非綜合征型唇/腭裂的關聯研究

  近日,北京大學公共衛生學院流行病與衛生統計學系研究人員發表論文,旨在對HapMap數據庫四個不同人群SUMO1基因的單核苷酸多態性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)進行分析和比較,並探討山東漢族人群rs7599810位點多態性與非綜合征型唇/腭裂(non-syndromiccleftlipwithorwithoutcleftpalate,NSCL/P)的關聯。研究指出,CHB、JPT和CEU人群SUMO1基因SNPs在等位基因組成、MAF、單體域及單體型構成等方面以共性特征為主,與之相比,YRI人群SNPs表現出較大的獨特性。山東漢族人群中SUMO1基因rs7599810多態性與NSCL/P未見統計學關聯。該文發表在2014年第02期《北京大學學報(醫學版)》雜志上。

  首先用Haploview軟件確定HapMap四個人群,分別為:中國北京漢族(HanChineseinBeijing,China,CHB)、日本東京(JapaneseinTokyo,Japan,JPT)、西北歐後裔(UtahresidentswithNorthernandWesternEuropeanancestryfromtheCEPHcollection,CEU)和尼日利亞約魯巴(YorubaninIbadan,Nigeria,YRI),四個人群中SUMO1基因SNPs中最小等位基因頻率(minorallelefrequency,MAF)>0.01且符合Hardy-Weinberg平衡的SNPs為合格SNPs,用MAF全距相對比指標衡量人群間最小等位基因相同的共有合格SNPs的MAFs差異;然後對四個人群共有合格SNPs進行單體域和單體型的分析及比較;最後對本研究所測該基因中的rs7599810在山東地區183個NSCL/P核心家系中進行傳遞不平衡檢驗(transmission/disequilibriumtest,TDT)。

  HapMap提供的24個SNPs中,純合SNPs在CHB和JPT均為9個,在CEU為8個,在YRI為6個,四個人群共有合格SNPs為12個。這些SNPs在四個人群均形成了一個單體域,其中CHB、JPT、CEU人群的單體域包括全部12個SNPs,YRI人群的單體域包括第3~11個SNPs。CHB、JPT、CEU和YRI人群的單體域分別確定了3、3、5、6種單體型,且均以前兩種單體型為主,頻率為0.634~0.922。TDT結果顯示SUMO1基因rs7599810多態性與NSCL/P未見統計學關聯(χ2=0.485,P=0.486,OR=0.898,95%CI:0.663~1.021)。

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