長期使用殺菌力強的藥物牙膏，不僅會使口腔中的致病菌產生抗藥性，而且在抑制、殺滅致病菌的同時，也會抑制、殺滅口腔中的正常菌群，使口腔中的“生態平衡”遭到破壞，引起新的口腔疾病和新的感染。
有些藥物牙膏中含有生物鹼和刺激性強的物質，長期使用，不但損害口腔內嬌嫩的黏膜，還會因長期不斷的刺激，使牙龈、口腔、舌頭等處發炎而引起牙龈炎、口腔炎、舌炎等；有過敏性喘咳的人會因藥物牙膏的刺激性異味而發生喘咳和腸胃不適。
有些藥物牙膏還含有色素，長期使用會污染牙面，使牙齒失去光澤。
此外，使用藥物牙膏刷牙，部分藥物可能會進入腸道，進入腸道中的藥物牙膏，可抑制大腸桿菌的生長，使腸道中的大腸桿菌數量減少，並可能引起人體的維生素B和維生素K等缺乏。
