人的免疫系統是一個相對波動的系統，其均衡一旦打破，就容易得病。但是不等於說，免疫目標一有異常就是“本身免疫疾病”。
大量的研討標明，口腔潰瘍患者的免疫目標有些是不正常的，但也有一局部人是正常的，因而在給該病“定性”的問題上發作了分歧。
不少學者以為該病屬於本身免疫性疾病，其依據有：病情拖延重復，對皮質激素敏感等，有報道約70%-80%的復發性口腔潰瘍有抗口腔粘膜鹽水組織均漿的本身抗體，而對照組僅10%.
但也有人指出這些抗體對口腔粘膜是非特異性的，醫.學教育網搜集整理而且在復發性口腔潰瘍患者中均未查見抗核抗體，而作為本身免疫性疾病主要目標之一的抗核抗體，可見於各種本身免疫性疾病，因而該病不能完全確定為自免疫性疾病。正常人體存在著一個極端復雜而精細的免疫調理系統，包括一些免疫細胞及免疫活性細胞發生的各種因子，它們構成一個復雜的調理網絡，控制著機體的免疫功用正常進行。
雖然目前還不能把復發性口腔潰瘍明白地劃歸本身免疫性疾病的“隊伍”，但依據患者的免疫形態進行調理依然非常必要。由於一個均衡而波動的免疫系統關於抵抗疾病總是有利的。
