胚胎學者指出唇腭裂形成於妊娠期的前三個月，在胚胎發育的早期，唇、腭是由兩側組織往身體中線融合起來的，若不能正常融合，就會產生各種不同部位的裂縫，出現唇裂、腭裂、唇腭裂這3種問題。
目前醫學上還不能確切知道其發生根源，多數醫生在通過臨床的診斷總結一些可能導致它出現的原因：遺傳和復雜的環境因素。有人認為遺傳占有相當高的比例，但實際上，遺傳因素只占到30%，並不高。復雜的環境因素才是最大的元凶，其中包括環境污染、感染、農藥、激素等。懷孕早期(懷孕前3個月)准媽媽的情緒、營養等狀況不佳，如遭到強烈的精神刺激、身體外部遭損失等精神性或損失性的因素；早孕期的嘔吐、厭食等導致微生物D、葉酸、鐵、鈣等的缺乏。懷孕前2個月的感冒，有些准媽媽可能因為感冒而形成風疹病毒，很可能導致孩子出現唇腭裂。一些藥物對准媽媽的影響。如服用抗癫痫藥、類膽固醇、抗過敏、抗癌藥物等，以及照X射線、輻射、吸煙、飲酒、缺氧等都脫不了干系。
具體說來，目前得到公認的唇腭裂可能致病因素大概有以下幾點：
遺傳因素 在過往被臨床診療患者中，只有少數的患者可查到家族性因素，為多基因遺傳性疾病，再發的危險性相對較小。
若父母正常且第一位子女唇腭裂，生育第二位唇腭裂子女可能性為5%。若父母中有一位唇腭裂患者，生育唇腭裂子女的可能性為5%。若父母都是唇腭裂，生育第一位子女的可能性為25%。
環境因素 尤其在城市裡，水、空氣的污染對懷孕的女性來說都十分危險，還有病毒感染(如流感)、X射線、汽車尾氣、微波等，都可造成遺傳基因的突變等。
藥物因素 母體懷孕期間患有如貧血、糠尿病、嚴重營養障礙等慢性疾病或服用某些藥物，如鎮靜藥、抗癫痫藥及激素類藥等。
煙酒因素 資料表明孕婦早期大量吸煙(包括被動吸煙)及酗酒，其子女唇腭裂的發生率比無煙酒嗜好的孕婦要高。當然，吸二手煙也一樣有危害。
情緒因素 俗話說病由心生，母親在懷孕期間一定要保持平和的心態，這無論是對預防唇腭裂還是其他疾病或多或少都有一定的幫助。
當然，如果生了唇腭裂畸形的小孩，也不要過於擔心，看看大明星王菲的孩子就知道了，只要悉心呵護，經過及時序列治療，孩子一樣能健康成長。
