超出人們之前的想象，有很大一部分的口咽癌與HPV病毒感染有關。疾控中心的報告顯示在大規模的侵襲性口咽鱗狀細胞癌中，72%都被檢查出HPV感染，62%是高危型HPV-16和18感染。目前已經可購買疫苗預防這兩個高危型HPV的感染。
在這些數據的基礎上，疾控中心的研究者們建議可以預防美國大多數的口咽癌。疫苗原本是為了預防宮頸癌，但是也有希望應用於預防口咽癌。例如去年哥斯達黎加HPV疫苗試驗發現卉妍康疫苗減少了90%以上女性的口腔HPV感染。然而疫苗的作用可能會隨著人口統計因素的變化而變化，比如性別和種族。
疾控中心的MartinSteinau博士和同事報告稱目前全球口咽癌病人大約每年增加85000人，在美國大約每年有12000個新增病例，而且大多數都是口咽鱗狀細胞癌（OPSCC）。最近這份回顧性的分析報告發表在《Emerginginfectiousdiseases》雜志上。
Steinau博士和同事試圖發現在美國口咽癌患者中流行的HPV類型，並試圖確認注射疫苗前的基線水平以觀察疫苗的影響。
他們檢查了588口咽癌病人的腫瘤。557名口咽鱗狀細胞癌患者中72.4%（403例）查出有HPV感染，71.1%（396例）的患者查出只有一種高危型HPV感染或沒有高危型感染。68.4%的患者只被一種HPV病毒感染，而3.9%的患者查出2中HPV病毒感染。
在7個病例中，只查出低危型感染。高危型HPV16出現在60.5%（337例）的患者中，高危型HPV18出現在2.5%（14例）的患者中，59.4%（331例）的患者沒有感染這兩個高危型病毒。研究者還發現其他的高危型HPV如31，33，35，39，45和52出現的頻率很低。
基於性別和種族，HPV存在流行率的差別。女性中高危型HPV16和HPV18的流行率（53%）低於男性（66%）。當研究者對高危型HPV做多元分析時，只有種族才是一個明顯的獨立因素。非西拔牙裔黑人感染高危型HPV的可能性低於其他所有種族。當考慮HPV16和18兩個類型時，在感染者和非感染者中存在差別的因素是性別和種族，年齡並沒有區別。
