急、慢性扁桃體炎都可以引起多種並發症。局部並發症有急性中耳炎、鼻炎、鼻窦炎、咽炎、頸淋巴結炎、扁桃體周圍膿腫等。全身並發症常見的有風濕病、急性腎小球腎炎、敗血症、關節炎、皮膚疾患(如銀屑病)、心肌炎、支氣管哮喘等。
扁桃體炎引起全身疾病的機理目前尚不完全明了。感染學說認為是溶血性鏈球菌及其毒素間斷地進入血流或淋巴，導致遠隔部位的疾病。近年來由風濕病患者的咽部、血液和心瓣膜上分離出Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅶ型腺病毒，並認為鏈球菌的透明質酸酶能增加咽部組織的通透性，使病毒易於侵入人體而致病。變態反應學說認為小窩內的細菌及其毒素、代謝產物或病毒等，進入體液後，可引起抗體形成，通過抗原抗體結合，產生復合物而導致其他部位的病變。感染變態反應學說認為上述兩種過程同時存在，共同起作用。此外，尚有其?說法，但各種學說都缺乏足夠的證據。
扁桃體炎一般是指腭扁桃體的非特異性炎症，可分為急性扁桃體炎、慢性扁桃體炎。急性扁桃體炎大多在機體抵抗力降低時感染細菌或病毒所致，起病急，以咽痛為主要症狀，伴有畏寒、發熱、頭痛等症狀，是兒童和青少年的常見病。慢性扁桃體炎是由於急性扁桃體炎反復發作所致，表現為咽部干燥，有堵塞感，分泌物粘，不易咳出，口臭，其反復發作可誘發其他疾病，如慢性腎炎、關節炎、風濕性心髒病等，因此須積極治療。患者平時要鍛煉身體，增強體質，注意口腔衛生，及時治療附近組織的疾病，飲食宜清淡，不吃辛辣刺激性食物，戒除煙酒，一旦本病成為誘發其他疾病的病灶，或有其他手術指征時則應考慮手術治療。
本病相當於中醫學“乳蛾”的范疇，急性扁桃體炎相當於“風熱乳蛾”，慢性扁桃體炎相當於“虛火乳蛾”。風熱乳蛾多因氣候驟變，寒熱失調，肺衛不固，致風熱邪毒乘虛從口鼻而從侵喉核，或因過食煙酒等，脾胃蘊熱，或因外感風熱失治，邪毒乘熱內傳肺胃，上灼喉核，發為本病;虛火乳蛾多因風熱乳蛾或溫病之後余毒未清，邪熱耗傷肺陰，或因素體陰虛，加之勞倦過度，腎陰虧損，虛火上炎，蒸喉核，發為本病。
