由於“兔唇”不僅影響患兒的容貌，還影響發音、吞咽和吮奶等。因此，患兒急需接受多次手術來補救這種先天缺陷。唇腭裂的治療是由多個學科的專家(包括口腔外科、正畸科、整形外科、耳鼻喉科、語音治療科等)共同協作。一般來說，整個治療應分為5個階段進行。
一、手術前處置。婦產科和小兒科醫生對患兒進行全面體檢，並解答有關問題。
二、唇腭裂修復手術。一般單側唇腭裂修復手術在患兒3-6個月進行，而雙側唇腭裂手術多在6-12個月左右進行，有些患兒出生後即可手術。
三、腭裂修復手術。大多選擇在患兒12-18個月時進行。
四、唇腭裂修復術後處置。術後半年之內應檢查患兒的發音狀況，並早期進行語音訓練，若發音仍未明顯改善，到4-5歲左右可考慮做二次咽成形術。
五、颌骨及面部繼發畸形的治療。嚴重唇腭裂患者，9-11歲是牙床修復的理想年齡。在生長發育完成後(男性17歲，女性15歲)進行二次整復手術。
唇腭裂的治療過程貫穿整個生長發育期，需要患兒家長與醫生的密切配合，以獲得較理想的治療效果。
